Во времена Аскара Акаева Каптагаев фактически был не по зубам компетентным органам. Более того, именно Эмильбек Саламатович являлся организатором встреч тогдашнего президента с известным лидером ваххабитов Садыкжаном Камаловым, с которым дружил и, вероятно, получал от него солидную финансовую помощь.